Организация, в состав которой входят обособленные подразделения, расположенные на территории РФ, обязана встать на учет в налоговом органе по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения.

В соответствии со ст. 11 НК обособленным подразделением организации признается любое территориально обособленное от нее подразделение, по месту нахождения которого оборудованы рабочие места. Признание обособленного подразделения организации таковым производится независимо от того, отражено или не отражено его создание в учредительных или иных организационно-распорядительных документах организации, и от полномочий, которыми наделяется указанное подразделение. При этом рабочее место считается стационарным, если оно создается на срок более одного месяца.                   

Местом нахождения обособленного подразделения считается место осуществления этой организацией, деятельности через свое обособленное подразделение.

Согласно ст. 83 НК, в целях проведения налогового контроля налогоплательщики подлежат постановке на учет в налоговых органах, соответственно, по месту нахождения организации, по месту нахождения её обособленных подразделений, а также по месту нахождения принадлежащего организации недвижимого имущества и транспортных средств и по иным основаниям, предусмотренным НК.

Ст. 1 Федерального закона от 17.07. 1999 №181-ФЗ «Об основах охраны труда в РФ» и ст.209 Трудового кодекса РФ от 30.12.2001 №197-ФЗ определяют рабочее место, как место, в котором работник должен находиться или в которое ему необходимо прибыть в связи с его работой, и которое прямо или косвенно находится под контролем работодателя. Как следует из данного определения, оно распространяется на случаи, при которых возникают отношения работника и работодателя, являющихся сторонами трудового договора (контракта).

Учитывая изложенное, создание рабочего места организацией вне места ее нахождения является основанием для постановки на учет в налоговом органе организации по месту нахождения обособленного подразделения.

В соответствии с п.7 ст. 226 НК налоговые агенты - российские организации, имеющие обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога на доходы с физических лиц как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения обособленного подразделения.  Сумма налога, подлежащая уплате в бюджет по месту нахождения обособленного подразделения, определяется исходя из суммы дохода, подлежащего налогообложению, начисляемого и выплачиваемого работникам этих обособленных подразделений. В связи с вступлением в силу с 1 января 2006 года Федерального закона от 06.10.2003 года №131-ФЗ «Об общих принципах организации местного “самоуправления в Российской Федерации» и Закона Чувашской Республики от 24.11.2004 г. № 37 «Об установлении границ муниципальных образований Чувашской Республики и наделении их статусом городского, сельского поселения, муниципального района и городского округа» Межрайонная ИФНС России №8 по Чувашской Республике разъясняет следующее: юридические лица, имеющие  на территории городского округа или сельского поселения обособленные подразделения, обязаны перечислять исчисленные и удержанные суммы налога на доходы с физических лиц по месту нахождения обособленных подразделений с указанием вновь образованных поселений.